ムツゴロウは海岸の干潟に生息しています。潮が満ちている間は泥の穴の中に隠れていますが、干潮になると泥の上に出てきます。泥の表面の珪藻などを歯でこそげて食べます。

ムツゴロウは繁殖期になるとオスがメスを誘います。メスを見つけると、まずからだの側面を見せるように位置を変え、そして背びれを立ててジャンプをします。これを求愛ダンスと呼びます。オス同士の対決もあります。

ムツゴロウは干潟に住んでいます。干潮になって干潟が現れると多くの生き物が動き始めます。トビハゼやカニなど泥の中の微生物を食べるものと彼らを狙ってくる水鳥などがやって来て干潟はにぎやかになります。